Teoría Endosimbiótica

Propuesta por Linn Margulis.
Una bacteria fotosintética (posiblemente una cianobacteria) es englobada por una célula más grande, sin que se produjera la digestión, si no por el contrario se produce una asociación simbiótica. Éstas asociaciones pudieron conquistar nuevos ambientes. Ésta bacteria originalmente independiente pasará a conformar el cloroplasto.
Según ésta hipótesis hace 2.500 M.A cuando la atmósfera ya era rica en oxígeno como consecuencia de la actividad fotosintética de las cianobacterias, ciertas células procariotas habrían adquirido la capacidad de utilizar ese gas para obtener energía (bacterias aeróbicas) En algún momento los procariotas aeróbicos habrían sido fagocitados por células de mayor tamaño también en una asociación simbiótica originando posteriormente las mitocondrias.